Sempre più il sequenziamento dell’intero genoma (WGS) e il sequenziamento a singola cellula stanno emergendo come strumenti fondamentali nell’oncologia di precisione, non solo per l’identificazione di nuovi target terapeutici, ma anche per la valutazione della malattia minima residua e il superamento della resistenza ai trattamenti.
Durante il Congresso MAP 2024 (Molecular Analysis for Precision Oncology, Londra, 16–18 ottobre), sono stati presentati due studi che mettono a confronto i vantaggi del WGS con il sequenziamento a singola cellula e approfondiscono come queste tecnologie possano essere integrate nel trattamento dei tumori solidi.
Nel primo studio (Abstract 93MO), i ricercatori hanno utilizzato dati del servizio NHS Genomic Medicine del Regno Unito e del Progetto 100.000 Genomi su pazienti con leucemia linfoblastica acuta (LLA), sviluppando una pipeline “tumour first–germline late”. Questo approccio ha permesso di identificare riorganizzazioni del fattore di trascrizione DUX4 – associato a esiti clinici favorevoli – in almeno il 5% dei casi. Sono stati inoltre rilevati cloni aggiuntivi, compresi nuovi bersagli terapeutici non individuabili con il sequenziamento di nuova generazione standard, che potrebbero rivelarsi utili nel monitoraggio della malattia minima residua.
Il secondo studio (Abstract 165MO) ha utilizzato il sequenziamento dell’RNA a singola cellula per analizzare le modifiche del microambiente tumorale peritoneale (TME) in pazienti con carcinoma gastrico e metastasi peritoneali (GCPM) prima e dopo la terapia. Campioni corrispondenti da tumori primari, ascite maligna e metastasi peritoneali, insieme a campioni pre- e post-trattamento di 17 pazienti, sono stati sottoposti a sequenziamento a singola cellula e trascrittomica spaziale. I risultati hanno evidenziato la presenza di cellule tumorali epiteliali MUC1+ con un’elevata transizione epitelio-mesenchimale (EMT), associata a prognosi sfavorevole. Nel microambiente peritoneale di campioni di ascite di pazienti con tumori resistenti, sono stati identificati macrofagi pro-tumorali C1Q+. È stata osservata un’interazione tra questi macrofagi C1Q+ e le cellule tumorali MUC1+, con un incremento della produzione di TGF-β in pazienti con malattia immunoresistente. Un’analisi post-hoc su uno studio di fase I e una coorte trattata con immunoterapia ha suggerito che il co-targeting delle vie TGF-β e PD-L1 con SHR-1701 potrebbe offrire un’efficacia superiore rispetto alla sola immunoterapia. Questi studi rafforzano l’importanza di tecnologie avanzate come il WGS e il sequenziamento a singola cellula nella gestione dei tumori solidi e nella personalizzazione delle strategie terapeutiche, soprattutto nei casi di resistenza ai trattamenti standard.
Riferimenti bibliografici
1. https://dailyreporter.esmo.org/